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    iDREM: interactive Dynamic Regulatory Events Miner
    Ressource numériqueDisponible

    iDREM : interactive Dynamic Regulatory Events Miner

    Traduit de l'anglais ·

    Devis sur demande

    Faculty of Medicine and Health Sciences
    Biomedical Engineering
    McGill University

    Le logiciel DREM (Dynamic Regulatory Events Miner) a été initialement développé pour intégrer des données statiques d'interaction protéine-ADN à des données d'expression génique en séries temporelles afin de reconstruire des réseaux de régulation dynamiques. Au cours des dernières années, plusieurs autres types de données à haut débit en séries temporelles ont été utilisés pour étudier les processus biologiques, notamment l'expression de miARN, la protéomique, l'épigénomique et le séquençage d'ARN sur cellule unique (single-cell RNA-Seq). L'intégration de l'ensemble des séries temporelles et des jeux de données statiques disponibles au sein d'un modèle unifié demeure un défi et un objectif majeurs. Pour y répondre et permettre l'interrogation interactive des modèles appris obtenus, nous avons mis au point une nouvelle version de DREM appelée iDREM (interactive DREM). iDREM prend en charge tous les types de données mentionnés précédemment et bien plus encore. Fait important, il permet également aux utilisateurs de visualiser de façon interactive une vue axée sur un gène, un FT, une voie ou le modèle pour chacun de ces types de données, leurs interactions et leur impact sur le modèle obtenu. Nous présentons les fonctionnalités du nouvel outil en l'appliquant à l'intégration de plusieurs types de données provenant de différents laboratoires pour la modélisation des réseaux de régulation du développement cérébral. Les figures suivantes illustrent le diagramme des flux de travail.

    Ding Lab

    Ding Lab

    Faculty of Medicine and Health Sciences

    Laboratoire de recherche voué à faire avancer les connaissances scientifiques et l'innovation.

    JD

    Jun Ding

    Ding Lab · McGill University
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